Hasta 1982 quienes terminaban de cursar el noveno grado, en la ciudad de Nejapa, carecían de la oportunidad de continuar estudios de bachillerato, a menos que viajaran a Apopa, Quezaltepeque o San Salvador. Dicha problemática motivo a un grupo de ciudadanos nejapenses dispuestos a buscar una solución, entre los cuales se puede mencionar a los maestros Concepción Campos de Lara, Fernando Ruballo y Andrés Choto, quienes tuvieran la iniciativa de gestionar la apertura de un Instituto Nacional, que sirviera para la superación de ja juventud de Nejapa.

En 1983 iniciaron las actividades con una matrícula de 33 alumnos, funcionado de forma anexa en los centros educativos "General Francisco Morazán" y "José Matías Delgado". El acuerdo legal se dio, según Decreto Educativo a través del Ministerio de Educación, el 9 de agosto de 1983, con el número 2475.

Finalizando el funcionamento de forma anexa en 1994, cuando se logro a través de cabildos abiertos la adquisición de un terreno que fue donado por el señor Rafael Vilanova a la Alcaldía Municipal y con la especificación que era para educación.

Su primer director fue el Prof. Sergio Fernado Salinas Ruballo. Con esta función continuó el Prof. Miguel Ángel Gutiérrez, quien fue sustituido pos el Lic. Samuel Antonio Lara Campos, director hasta el momento actual.

Su nombre surge debido a a primera visita a El Salvador del Papa Juan Pablo II, su código de infraestructura es 11450, fue edificada por la Secretaría Nacional de la Reconstrucción y su funcionamiento está basado en la Constitución Política de la Républica y Ley de Educación.